El interior del Skoda Fabia Combi es prácticamente igual al del cinco puertas. La única diferencia se encuentra en el maletero.
Como el cinco puertas, es un coche más espacioso y práctico que la mayoría de los modelos semejantes. Destaca el espacio del que disponen los ocupantes traseros, tanto para las piernas como para la cabeza.
Es muy práctico porque tiene muchas soluciones para guardar o dejar objetos. Hay dos guanteras, cintas de goma en las bolsas de las puertas (muy útiles para sujetar convenientemente mapas o similares) y cajones bajo el asiento del conductor, entre otros.
El maletero del Fabia Combi es enorme, teniendo en cuenta la longitud de su carrocería. Mide 480 l de capacidad, es decir, es 180 l mayor que el del cinco puertas y 54 l más que el del anterior Combi. Es un maletero tan grande que sólo mide 100 l menos que el del Octavia Combi.
Además, puede ampliarse hasta 1.460 l, plegando los asientos traseros. En su interior hay una cortinilla cubremaletero enrollable para ocultar la carga, anillas para fijar una red, compartimentos en los laterales y una cinta de plástico para sujetar determinados objetos.
Podrá comprarse con varios niveles de equipamiento. Todos los Fabia Combi tendrán de serie cuatro airbags, antibloqueo de frenos (ABS), faros antiniebla, ordenador de viaje, volante con ajuste en altura y profundidad, radio con lector de discos MP3, conexión auxiliar para fuentes de sonido externas, ocho altavoces y rueda de repuesto.
Según versiones u opcionalmente podrá llevar airbag de cabeza, control de estabilidad (ESP), control de la presión de los neumáticos, faros direccionales, faros antiniebla con alumbrado lateral, climatizador automático, conexión Bluetooth para teléfono móvil, techo solar eléctrico y llantas de aleación de hasta 16”.
Habrá algunos elementos de equipamiento que no están disponibles en la versión de cinco puertas, como barras de techo (negras o cromadas), portabicicletas en el maletero y red de separación entre habitáculo y maletero.